El máximo organismo judicial, en su Sentencia C-208 de 2007, acogió los argumentos expuestos por la Defensoría del Pueblo al intervenir en el proceso iniciado por demanda ciudadana de inconstitucionalidad contra el Decreto Ley 1278 de 2002, por el cual se expidió el Estatuto de Profesionalización Docente. El demandante argumentó la inconstitucionalidad parcial del decreto por no tener en cuenta las condiciones especiales que la Constitución reconoce a los pueblos indígenas en cuanto a su autodeterminación y a su derecho a una educación que respete, valore y preserve su cultura y, en particular, a las condiciones especiales que deben regir la selección de los etnoeducadores.

La Defensoría del Pueblo coadyuvó las peticiones del actor, al señalar que el Legislador al expedir el Decreto Ley 1278 de 2002, incurrió en omisión legislativa relativa por vulneración de los artículos 13, 68 y 125 de la Constitución Política, al no incluir a los grupos étnicos en el Estatuto de Profesionalización Docente como debió haberlo hecho. El Presidente de la República, en ejercicio de las facultades extraordinarias recibidas por el Congreso, omitió el deber específico de dictar las normas pertinentes que permitieran a los aspirantes participar en los procesos de provisión de cargos de docentes y directivas indígenas.

La Corte Constitucional declaró exequible el Decreto-Ley 1278 de 2002 “por el cual se establece el estatuto de profesionalización docente”, en el entendido que el mismo “no es aplicable a las situaciones administrativas relacionadas con la vinculación, administración y formación de los docentes y directivos docentes en los establecimientos educativos estatales ubicados en territorios indígenas que atienden población indígena, con la aclaración de que, mientras el legislador procede a expedir un estatuto de profesionalización docente que regule de manera especial la materia, las disposiciones aplicables a los grupos indígenas serán las contenidas en la Ley general de Educación y demás normas complementarias”.